Separat type
Membranmodulen og bioreaktoren er installert separat.
Den blandede væsken i bioreaktoren settes under trykk av en sirkulasjonspumpe og pumpes deretter til filtreringsenden av membranmodulen. Under trykk trenger væsken i den blandede væsken gjennom membranen og blir til det behandlede vannet; faste stoffer og store molekyler holdes tilbake av membranen og returneres til bioreaktoren med konsentratet.
Integrert type
Membranmodulen er plassert inne i bioreaktoren. Matevann kommer inn i membran-bioreaktoren, hvor de fleste forurensninger fjernes av det aktiverte slammet i blandingsvæsken, og deretter filtreres vannet ut av membranen under eksternt trykk.
Denne typen membran-bioreaktorer har relativt lavt energiforbruk fordi den eliminerer sirkulasjonssystemet for blandet væske og er avhengig av pumpe-assistert filtrering; den har også et mer kompakt fotavtrykk enn den separate typen og har fått betydelig oppmerksomhet innen vannbehandlingsfeltet de siste årene. Imidlertid har den generelt en relativt lav membranfluks, er utsatt for membranbegroing og er vanskelig å rengjøre og erstatte etter begroing.
Kompositt type
I form tilhører den også kategorien integrerte membranbioreaktorer. Forskjellen er at pakkemateriale tilsettes inne i bioreaktoren for å danne en komposittmembranbioreaktor, som endrer noen av egenskapene til reaktoren.